Rien ne le prédestinait à devenir une figure centrale de la scène politique malgache. Animateur de soirées dansantes, puis créateur de l'entreprise d'impression numérique Injet, il a reçu dans la corbeille de son mariage avec Mialy Razakandisa, dans les années 90, la société Doma Pub, appartenant à sa belle-famille et qui va ensuite dominer le marché local de l'affichage publicitaire.

Des démêlés avec les autorités - qui l'empêchaient d'installer des panneaux publicitaires dans la capitale - l'ont incité à entrer en politique : après avoir racheté une station de radio et une chaîne de télévision, rebaptisée Viva, il est élu maire d'Antananarivo en décembre 2007. Autodidacte et énergique, il s'impose peu à peu comme la figure de proue de la contestation contre le président de l'époque, Marc Ravalomanana. Une farouche inimitié va opposer les deux hommes, qui ont pourtant un parcours politique très similaire.

Rajoelina formalise alors son propre parti, le Tanora MalaGasy Vonona (TGV), dont l'acronyme lui servira de surnom parce qu'il fait référence aux Trains à grande vitesse français et à sa rapide ascension politique. Soutenu à la fois par une partie de la bourgeoisie Merina, qui en a assez de Ravalomanana, et par les jeunes des quartiers déshérités de la capitale, qui s'identifient à lui, il sera le leader du soulèvement populaire contre le précédent régime en 2008-2009. Puis en mars 2009, il est porté au pouvoir en bénéficiant d'un coup de pouce d'une partie de l'armée, qui se rallie à sa cause.

Par la suite, sa gestion de la transition a été controversée et il a fini par apparaître aux yeux d'une partie de l'opinion publique locale et de la communauté internationale comme un des obstacles à la sortie de crise.